..........โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ได้ก่อตั้งและดำเนินการสอนสืบเนื่องมาโดย ภราดาคณะเซนคาเบรียล ซึ่ง นักบุญหลุยส์ มารี เดอ มองฟอร์ต ได้สถาปนาขึ้นในปี ค.ศ. 1705 ณ ประเทศฝรั่งเศส มีจุดมุ่งหมายแรกเริ่มที่ จะสอนให้เยาวชนอ่านออกเขียนได้ คิดเลขเป็น และมีหลักศาสนาเป็นแนวทางให้ประพฤติตนเป็นคนดี โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ตั้งอยู่ เลขที่ 30 หมู่ 3 ในหมู่บ้านเศรษฐกิจ แขวงบางไผ่ เขตภาษีเจริญ กรุงเทพมหานคร ก่อตั้ง เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2504 ดำเนินการโดย มูลนิธิคณะเซนคาเบรียลแห่งประเทศไทย สอนวิชาสามัญ ตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ 1 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6
..........คณะภาราดาเซนคาเบรียล ริเริ่มก่อตั้งโรงเรียนนี้ เนื่องจาก นายไถง สุวรรณทัต ศิษย์เก่าอาวุโสของโรงเรียนอัสสัมชัญกรุงเทพฯ ได้มีจิตศรัทธามอบที่ดินในหมู่บ้านเศรษฐกิจ ให้มูลนิธิ ฯ มีเนื้อที่ทั้งหมด 56 ไร่ 1 งาน 9 ตารางวา เพื่อก่อตั้งโรงเรียนซึ่งเป็นสาขาหนึ่งในจำนวน 14 โรงเรียนที่ดำเนินการโดย ภราดาคณะเซนคาเบรียลแห่งประเทศไทยดังนี้
1. โรงเรียนอัสสัมชัญกรุงเทพ ฯ ตั้งเมื่อ 2428 กรุงเทพมหานคร 2. โรงเรียนเซนคาเบรียล ตั้งเมื่อ 2463 กรุงเทพมหานคร 3. โรงเรียนมงฟอร์ตวิทยาลัย ตั้งเมื่อ 2475 จังหวัดเชียงใหม่ 4. โรงเรียนอัสสัมชัญพาณิชย์ ตั้งเมื่อ 2482 กรุงเทพมหานคร 5. โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา ตั้งเมื่อ 2487 จังหวัดชลบุรี 6. โรงเรียนเซนต์หลุยส์วิทยาลัย ตั้งเมื่อ 2491 จังหวัดฉะเชิงเทรา 7. โรงเรียนอัสสัมชัญลำปาง ตั้งเมื่อ 2501 จังหวัดลำปาง 8. โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ตั้งเมื่อ 2504 กรุงเทพมหานคร 9. โรงเรียนอัสสัมชัญระยอง ตั้งเมื่อ 2506 จังหวัดระยอง 10. โรงเรียนอัสสัมชัญอุบลราชธานี ตั้งเมื่อ 2508 จังหวัดอุบลราชธานี 11. โรงเรียนอัสสัมชัญนครราชสีมา ตั้งเมื่อ 2510 จังหวัดนครราชสีมา 12. มหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ ตั้งเมื่อ 2512 กรุงเทพมหานคร 13. โรงเรียนอัสสัมชัญสำโรง ตั้งเมื่อ 2522 จังหวัดสมุทรปราการ14. โรงเรียนอัสสัมชัญเทคนิคนครพนม ตั้งเมื่อ 2541 นครพนม
..........โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ได้เจริญก้าวหน้าตามลำดับต่อมามูลนิธิคณะเซนคาเบรียลแห่งประเทศไทยได้ซื้อที่ดินทางทิศเหนือ ของโรงเรียนเพิ่มอีกเป็น 79 ไร่ 44 ตารางวา ได้มีการเปลี่ยนแปลงภราดาผู้บริหาร ดังรายนามดังต่อไปนี้
อธิการท่านที่ 1 ภราดาอาซีเนียว อาเกลอินฟาเต พ.ศ. 2504 (เสียชีวิตแล้ว)อธิการท่านที่ 2 ภราดาอินเดอร์ฟองโซ มารี ซีซีเรีย พ.ศ. 2505- พ.ศ.2507 (เสียชีวิตแล้ว)อธิการท่านที่ 3 ภราดาแอนดูว์ อารมณ์ วรศิลป์ พ.ศ. 2508- พ.ศ.2510 (เสียชีวิตแล้ว)อธิการท่านที่ 4 ภราดาวิศิษฐ์ ศรีวิชัยรัตน์ พ.ศ. 2510- พ.ศ.2517 อธิการท่านที่ 5 ภราดาบัญชา แสงหิรัญ พ.ศ. 2518- พ.ศ.2520 อธิการท่านที่ 6 ภราดาสมพงษ์ ศรีสุระ พ.ศ. 2521- พ.ศ.2526 อธิการท่านที่ 7 ภราดามีศักดิ์ ว่องประชานุกูล พ.ศ. 2527- พ.ศ.2534 อธิการท่านที่ 8 ภราดาอานันท์ ปรีชาวุฒิ พ.ศ.2535- พ.ศ.2541อธิการท่านที่ 9 ภราดาเลอชัย ลวสุต พ.ศ.2541- พ.ศ.2543อธิการท่านที่ 10 ภราดาเดชาชัย ศรีพิจารณ์ พ.ศ.2544 - พ.ศ.2546อธิการท่านที่ 11 ภราดาอาจิณ เต่งตระกูล พ.ศ.2547 - พ.ศ.2549อธิการท่านที่ 12 ภราดาชำนาญ เหล่ารักผล พ.ศ.2550 - ปัจจุบัน "
..........ปัจจุบันมีอาคารเรียนและอาคารประกอบจำนวน 23 หลัง มีจำนวนห้องเรียน 93 ห้อง ห้องสมุด ห้องคอมพิวเตอร์ ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องดนตรี ห้องแนะแนว ห้องปฏิบัติการภาษาต่างประเทศ ห้องพยาบาล ห้องไฟฟ้า ห้องโสตทัศน์ ห้องกิจกรรมชมรมต่าง ๆ ห้องอาคารครู ห้องอาหารนักเรียน ฯลฯ
..........แนวนโยบาย การบริหารท่านผู้อำนวยการอาจารย์ใหญ่คนปัจจุบันเน้นการนำเทคโนโลยีทันสมัย มาประยุกต์ใช้ในการพัฒนาครู พัฒนานักเรียน ปรับปรุงแผนการศึกษาทุกด้านเพื่อส่งเสริมให้นักเรียนเป็นบุคคลที่พร้อม ทั้งด้านสติปัญญาร่างกาย จิตใจและมีคุณธรรมให้สามารถอยู่ในสังคมได้อย่างมีความสุขทั้งยังพัฒนาอาคารสถานที่เพื่อการศึกษา ของโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรีให้เป็นโครงการพัฒนาการศึกษาที่ก้าวกระโดดท้าทายคณะผู้บริหาร ครู อาจารย์ และต่อการศึกษา ของเด็กและเยาวชนเป็นอย่างยิ่งในขณะเดียวกันก็ได้พัฒนาคุณภาพครู อาจารย์ ด้วยการให้ไปดูงานต่างประเทศไปอบรมสัมนา เพื่อเพิ่มพูนความรู้ และจัดหาเงินกองทุนสวัสดิการครูเพื่อสร้างขวัญกำลังใจแก่คณะครูอาจารย์ในโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี